Index

A

AnnCollection (class in anndata.experimental) anndata module

AnnData (class in anndata) AnnLoader (class in anndata.experimental) attrs_keys (anndata.experimental.AnnCollection property)

C

chunk_X() (anndata.AnnData method) chunked_X() (anndata.AnnData method) concat() (in module anndata)

concatenate() (anndata.AnnData method) convert (anndata.experimental.AnnCollection property) copy() (anndata.AnnData method)

F

filename (anndata.AnnData property)

H

has_backed (anndata.experimental.AnnCollection property)

I

ImplicitModificationWarning is_view (anndata.AnnData property)

isbacked (anndata.AnnData property) iterate_axis() (anndata.experimental.AnnCollection method)

L

layers (anndata.AnnData property)

lazy_attr() (anndata.experimental.AnnCollection method)

M

module anndata

N

n_obs (anndata.AnnData property) (anndata.experimental.AnnCollection property)

n_vars (anndata.AnnData property) (anndata.experimental.AnnCollection property)

O

obs (anndata.AnnData property) (anndata.experimental.AnnCollection property) obs_keys() (anndata.AnnData method) obs_names (anndata.AnnData property) obs_names_make_unique() (anndata.AnnData method)

obs_vector() (anndata.AnnData method) obsm (anndata.AnnData property) (anndata.experimental.AnnCollection property) obsm_keys() (anndata.AnnData method) obsp (anndata.AnnData property)

R

raw (anndata.AnnData property) read_csv() (in module anndata) read_elem() (in module anndata.experimental) read_excel() (in module anndata) read_h5ad() (in module anndata) read_hdf() (in module anndata)

read_loom() (in module anndata) read_mtx() (in module anndata) read_text() (in module anndata) read_umi_tools() (in module anndata) read_zarr() (in module anndata) rename_categories() (anndata.AnnData method)

S

shape (anndata.AnnData property) (anndata.experimental.AnnCollection property)

strings_to_categoricals() (anndata.AnnData method)

T

T (anndata.AnnData property) to_adata() (anndata.experimental.AnnCollection method)

to_df() (anndata.AnnData method) to_memory() (anndata.AnnData method) transpose() (anndata.AnnData method)

U

uns (anndata.AnnData property)

uns_keys() (anndata.AnnData method)

V

var (anndata.AnnData property) var_keys() (anndata.AnnData method) var_names (anndata.AnnData property) var_names_make_unique() (anndata.AnnData method)

var_vector() (anndata.AnnData method) varm (anndata.AnnData property) varm_keys() (anndata.AnnData method) varp (anndata.AnnData property)

W

write() (anndata.AnnData method) write_csvs() (anndata.AnnData method) write_elem() (in module anndata.experimental)

write_h5ad() (anndata.AnnData method) write_loom() (anndata.AnnData method) write_zarr() (anndata.AnnData method)

X

X (anndata.AnnData property)