6.3.2. Compression

• 6.3.2.1. starch
  • 6.3.2.1.1. Inputs and outputs
    • 6.3.2.1.1.1. Input
    • 6.3.2.1.1.2. Output
  • 6.3.2.1.2. Requirements
  • 6.3.2.1.3. Usage
  • 6.3.2.1.4. Options
    • 6.3.2.1.4.1. Backend compression type
    • 6.3.2.1.4.2. Note
    • 6.3.2.1.4.3. Per-chromosome data integrity signature
    • 6.3.2.1.4.4. Compression progress
    • 6.3.2.1.4.5. Headers
    • 6.3.2.1.4.6. Unique tag
  • 6.3.2.1.5. Example
• 6.3.2.2. unstarch
  • 6.3.2.2.1. Inputs and outputs
    • 6.3.2.2.1.1. Input
    • 6.3.2.2.1.2. Output
  • 6.3.2.2.2. Requirements
  • 6.3.2.2.3. Usage
    • 6.3.2.2.3.1. Extraction
    • 6.3.2.2.3.2. Archive attributes
      • 6.3.2.2.3.2.1. Metadata
      • 6.3.2.2.3.2.2. Note
      • 6.3.2.2.3.2.3. Timestamp
      • 6.3.2.2.3.2.4. Compression type
      • 6.3.2.2.3.2.5. Version
    • 6.3.2.2.3.3. Whole-file or per-chromosome attributes
      • 6.3.2.2.3.3.1. Data integrity
      • 6.3.2.2.3.3.2. Elements
      • 6.3.2.2.3.3.3. Bases
      • 6.3.2.2.3.3.4. Duplicate element(s)
      • 6.3.2.2.3.3.5. Nested element(s)
  • 6.3.2.2.4. Example
• 6.3.2.3. starchcat
  • 6.3.2.3.1. Parallelization
  • 6.3.2.3.2. Inputs and outputs
    • 6.3.2.3.2.1. Input
    • 6.3.2.3.2.2. Output
  • 6.3.2.3.3. Usage
    • 6.3.2.3.3.1. Per-chromosome data integrity signature
    • 6.3.2.3.3.2. Example
• 6.3.2.4. Starch (v2.x) specification
  • 6.3.2.4.1. Archive structure
  • 6.3.2.4.2. Magic bytes
  • 6.3.2.4.3. Chromosome streams
  • 6.3.2.4.4. Metadata
    • 6.3.2.4.4.1. Data
      • 6.3.2.4.4.1.1. Archive
      • 6.3.2.4.4.1.2. Streams
    • 6.3.2.4.4.2. Offset
    • 6.3.2.4.4.3. Hash
  • 6.3.2.4.5. Padding
• 6.3.2.5. starch-diff
  • 6.3.2.5.1. Inputs and outputs
    • 6.3.2.5.1.1. Input
    • 6.3.2.5.1.2. Output
  • 6.3.2.5.2. Requirements
  • 6.3.2.5.3. Usage