6.1. Set operations

• 6.1.1. bedops
  • 6.1.1.1. Inputs and outputs
    • 6.1.1.1.1. Input
    • 6.1.1.1.2. Output
  • 6.1.1.2. Usage
  • 6.1.1.3. Operations
    • 6.1.1.3.1. Everything (-u, –everything)
    • 6.1.1.3.2. Element-of (-e, –element-of)
    • 6.1.1.3.3. Not-element-of (-n, –not-element-of)
    • 6.1.1.3.4. Complement (-c, –complement)
    • 6.1.1.3.5. Difference (-d, –difference)
    • 6.1.1.3.6. Symmetric difference (-s, –symmdiff)
    • 6.1.1.3.7. Intersect (-i, –intersect)
    • 6.1.1.3.8. Merge (-m, –merge)
    • 6.1.1.3.9. Partition (-p, –partition)
    • 6.1.1.3.10. Chop (-w, –chop)
    • 6.1.1.3.11. Stagger (–stagger)
    • 6.1.1.3.12. Exclude (-x)
    • 6.1.1.3.13. Per-chromosome operations (–chrom)
    • 6.1.1.3.14. Range (–range)
  • 6.1.1.4. Starch support
  • 6.1.1.5. Error checking (–ec)
  • 6.1.1.6. Tips
    • 6.1.1.6.1. Chaining operations
    • 6.1.1.6.2. Sorting inputs
• 6.1.2. bedextract
  • 6.1.2.1. How it works
  • 6.1.2.2. Inputs and outputs
    • 6.1.2.2.1. Input
    • 6.1.2.2.2. Output
  • 6.1.2.3. Usage
    • 6.1.2.3.1. Listing chromosomes
    • 6.1.2.3.2. Retrieving elements from a specific chromosome
    • 6.1.2.3.3. Retrieving elements which overlap target elements
      • 6.1.2.3.3.1. What are nested elements?
      • 6.1.2.3.3.2. Demonstration
  • 6.1.2.4. Downloads
• 6.1.3. closest-features
  • 6.1.3.1. Inputs and outputs
    • 6.1.3.1.1. Input
    • 6.1.3.1.2. Output
  • 6.1.3.2. Usage
  • 6.1.3.3. Per-chromosome operations (–chrom)
  • 6.1.3.4. Error checking
  • 6.1.3.5. Downloads
• 6.1.4. Nested elements
  • 6.1.4.1. Definition
  • 6.1.4.2. Example
  • 6.1.4.3. Why nested elements matter