Man pages matching name bio::tools::run::phylo::molphy::protml in section 3pm:

Bio::Tools::Run::Phylo::Molphy::ProtML.3pm.en	debian 10 / libbio-perl-run-perl
Bio::Tools::Run::Phylo::Molphy::ProtML.3pm.en	debian 11 / libbio-perl-run-perl
Bio::Tools::Run::Phylo::Molphy::ProtML.3pm.en	debian 12 / libbio-perl-run-perl