6. Reference

• 6.1. Set operations
  • 6.1.1. bedops
    • 6.1.1.1. Inputs and outputs
      • 6.1.1.1.1. Input
      • 6.1.1.1.2. Output
    • 6.1.1.2. Usage
    • 6.1.1.3. Operations
      • 6.1.1.3.1. Everything (-u, –everything)
      • 6.1.1.3.2. Element-of (-e, –element-of)
      • 6.1.1.3.3. Not-element-of (-n, –not-element-of)
      • 6.1.1.3.4. Complement (-c, –complement)
      • 6.1.1.3.5. Difference (-d, –difference)
      • 6.1.1.3.6. Symmetric difference (-s, –symmdiff)
      • 6.1.1.3.7. Intersect (-i, –intersect)
      • 6.1.1.3.8. Merge (-m, –merge)
      • 6.1.1.3.9. Partition (-p, –partition)
      • 6.1.1.3.10. Per-chromosome operations (–chrom)
      • 6.1.1.3.11. Range (–range)
    • 6.1.1.4. Starch support
    • 6.1.1.5. Error checking (–ec)
    • 6.1.1.6. Tips
      • 6.1.1.6.1. Chaining operations
      • 6.1.1.6.2. Sorting inputs
  • 6.1.2. bedextract
    • 6.1.2.1. How it works
    • 6.1.2.2. Inputs and outputs
      • 6.1.2.2.1. Input
      • 6.1.2.2.2. Output
    • 6.1.2.3. Usage
      • 6.1.2.3.1. Listing chromosomes
      • 6.1.2.3.2. Retrieving elements from a specific chromosome
      • 6.1.2.3.3. Retrieving elements which overlap target elements
        • 6.1.2.3.3.1. What are nested elements?
        • 6.1.2.3.3.2. Demonstration
    • 6.1.2.4. Downloads
  • 6.1.3. closest-features
    • 6.1.3.1. Inputs and outputs
      • 6.1.3.1.1. Input
      • 6.1.3.1.2. Output
    • 6.1.3.2. Usage
    • 6.1.3.3. Per-chromosome operations (–chrom)
    • 6.1.3.4. Error checking
    • 6.1.3.5. Downloads
• 6.2. Statistics
  • 6.2.1. bedmap
    • 6.2.1.1. Inputs and outputs
      • 6.2.1.1.1. Input
      • 6.2.1.1.2. Output
    • 6.2.1.2. Usage
    • 6.2.1.3. Operations
      • 6.2.1.3.1. Overlap criteria
        • 6.2.1.3.1.1. Using --faster with --bp-ovr and --range
      • 6.2.1.3.2. Score operations
      • 6.2.1.3.3. Non-score operations
        • 6.2.1.3.3.1. Echo
        • 6.2.1.3.3.2. Element and overlap statistics
        • 6.2.1.3.3.3. Indicator
      • 6.2.1.3.4. Modifiers
        • 6.2.1.3.4.1. Range
        • 6.2.1.3.4.2. Using --faster with --range
        • 6.2.1.3.4.3. Formatting score output
        • 6.2.1.3.4.4. Delimiters
    • 6.2.1.4. Per-chromosome operations (–chrom)
    • 6.2.1.5. Starch support
    • 6.2.1.6. Error checking
    • 6.2.1.7. Endlines
    • 6.2.1.8. Downloads
• 6.3. File management
  • 6.3.1. Sorting
    • 6.3.1.1. sort-bed
      • 6.3.1.1.1. Inputs and outputs
        • 6.3.1.1.1.1. Input
        • 6.3.1.1.1.2. Output
      • 6.3.1.1.2. Usage
  • 6.3.2. Compression
    • 6.3.2.1. starch
      • 6.3.2.1.1. Inputs and outputs
        • 6.3.2.1.1.1. Input
        • 6.3.2.1.1.2. Output
      • 6.3.2.1.2. Requirements
      • 6.3.2.1.3. Usage
      • 6.3.2.1.4. Options
        • 6.3.2.1.4.1. Backend compression type
        • 6.3.2.1.4.2. Note
        • 6.3.2.1.4.3. Headers
        • 6.3.2.1.4.4. Unique tag
      • 6.3.2.1.5. Example
    • 6.3.2.2. unstarch
      • 6.3.2.2.1. Inputs and outputs
        • 6.3.2.2.1.1. Input
        • 6.3.2.2.1.2. Output
      • 6.3.2.2.2. Requirements
      • 6.3.2.2.3. Usage
        • 6.3.2.2.3.1. Extraction
        • 6.3.2.2.3.2. Archive attributes
          • 6.3.2.2.3.2.1. Metadata
          • 6.3.2.2.3.2.2. Note
          • 6.3.2.2.3.2.3. Timestamp
          • 6.3.2.2.3.2.4. Compression type
          • 6.3.2.2.3.2.5. Version
        • 6.3.2.2.3.3. Whole-file or per-chromosome attributes
          • 6.3.2.2.3.3.1. Elements
          • 6.3.2.2.3.3.2. Bases
      • 6.3.2.2.4. Example
    • 6.3.2.3. starchcat
      • 6.3.2.3.1. Parallelization
      • 6.3.2.3.2. Inputs and outputs
        • 6.3.2.3.2.1. Input
        • 6.3.2.3.2.2. Output
      • 6.3.2.3.3. Usage
        • 6.3.2.3.3.1. Example
    • 6.3.2.4. Starch (v2) specification
      • 6.3.2.4.1. Archive structure
      • 6.3.2.4.2. Magic bytes
      • 6.3.2.4.3. Chromosome streams
      • 6.3.2.4.4. Metadata
        • 6.3.2.4.4.1. Data
          • 6.3.2.4.4.1.1. Archive
          • 6.3.2.4.4.1.2. Streams
        • 6.3.2.4.4.2. Offset
        • 6.3.2.4.4.3. Hash
      • 6.3.2.4.5. Padding
  • 6.3.3. Data conversion
    • 6.3.3.1. bam2bed
      • 6.3.3.1.1. Dependencies
      • 6.3.3.1.2. Source
      • 6.3.3.1.3. Usage
      • 6.3.3.1.4. Example
      • 6.3.3.1.5. Downloads
    • 6.3.3.2. gff2bed
      • 6.3.3.2.1. Dependencies
      • 6.3.3.2.2. Source
      • 6.3.3.2.3. Usage
      • 6.3.3.2.4. Example
      • 6.3.3.2.5. Downloads
    • 6.3.3.3. gtf2bed
      • 6.3.3.3.1. Dependencies
      • 6.3.3.3.2. Source
      • 6.3.3.3.3. Usage
      • 6.3.3.3.4. Example
      • 6.3.3.3.5. Downloads
    • 6.3.3.4. psl2bed
      • 6.3.3.4.1. Dependencies
      • 6.3.3.4.2. Source
      • 6.3.3.4.3. Usage
      • 6.3.3.4.4. Example
      • 6.3.3.4.5. Downloads
    • 6.3.3.5. sam2bed
      • 6.3.3.5.1. Dependencies
      • 6.3.3.5.2. Source
      • 6.3.3.5.3. Usage
      • 6.3.3.5.4. Example
      • 6.3.3.5.5. Downloads
    • 6.3.3.6. vcf2bed
      • 6.3.3.6.1. Dependencies
      • 6.3.3.6.2. Source
      • 6.3.3.6.3. Usage
      • 6.3.3.6.4. Example
      • 6.3.3.6.5. Downloads
    • 6.3.3.7. wig2bed
      • 6.3.3.7.1. Source
      • 6.3.3.7.2. Usage
      • 6.3.3.7.3. Example
      • 6.3.3.7.4. Downloads