6.3. File management

• 6.3.1. Sorting
  • 6.3.1.1. sort-bed
    • 6.3.1.1.1. Inputs and outputs
      • 6.3.1.1.1.1. Input
      • 6.3.1.1.1.2. Output
    • 6.3.1.1.2. Usage
• 6.3.2. Compression
  • 6.3.2.1. starch
    • 6.3.2.1.1. Inputs and outputs
      • 6.3.2.1.1.1. Input
      • 6.3.2.1.1.2. Output
    • 6.3.2.1.2. Requirements
    • 6.3.2.1.3. Usage
    • 6.3.2.1.4. Options
      • 6.3.2.1.4.1. Backend compression type
      • 6.3.2.1.4.2. Note
      • 6.3.2.1.4.3. Headers
      • 6.3.2.1.4.4. Unique tag
    • 6.3.2.1.5. Example
  • 6.3.2.2. unstarch
    • 6.3.2.2.1. Inputs and outputs
      • 6.3.2.2.1.1. Input
      • 6.3.2.2.1.2. Output
    • 6.3.2.2.2. Requirements
    • 6.3.2.2.3. Usage
      • 6.3.2.2.3.1. Extraction
      • 6.3.2.2.3.2. Archive attributes
        • 6.3.2.2.3.2.1. Metadata
        • 6.3.2.2.3.2.2. Note
        • 6.3.2.2.3.2.3. Timestamp
        • 6.3.2.2.3.2.4. Compression type
        • 6.3.2.2.3.2.5. Version
      • 6.3.2.2.3.3. Whole-file or per-chromosome attributes
        • 6.3.2.2.3.3.1. Elements
        • 6.3.2.2.3.3.2. Bases
    • 6.3.2.2.4. Example
  • 6.3.2.3. starchcat
    • 6.3.2.3.1. Parallelization
    • 6.3.2.3.2. Inputs and outputs
      • 6.3.2.3.2.1. Input
      • 6.3.2.3.2.2. Output
    • 6.3.2.3.3. Usage
      • 6.3.2.3.3.1. Example
  • 6.3.2.4. Starch (v2) specification
    • 6.3.2.4.1. Archive structure
    • 6.3.2.4.2. Magic bytes
    • 6.3.2.4.3. Chromosome streams
    • 6.3.2.4.4. Metadata
      • 6.3.2.4.4.1. Data
        • 6.3.2.4.4.1.1. Archive
        • 6.3.2.4.4.1.2. Streams
      • 6.3.2.4.4.2. Offset
      • 6.3.2.4.4.3. Hash
    • 6.3.2.4.5. Padding
• 6.3.3. Data conversion
  • 6.3.3.1. bam2bed
    • 6.3.3.1.1. Dependencies
    • 6.3.3.1.2. Source
    • 6.3.3.1.3. Usage
    • 6.3.3.1.4. Example
    • 6.3.3.1.5. Downloads
  • 6.3.3.2. gff2bed
    • 6.3.3.2.1. Dependencies
    • 6.3.3.2.2. Source
    • 6.3.3.2.3. Usage
    • 6.3.3.2.4. Example
    • 6.3.3.2.5. Downloads
  • 6.3.3.3. gtf2bed
    • 6.3.3.3.1. Dependencies
    • 6.3.3.3.2. Source
    • 6.3.3.3.3. Usage
    • 6.3.3.3.4. Example
    • 6.3.3.3.5. Downloads
  • 6.3.3.4. psl2bed
    • 6.3.3.4.1. Dependencies
    • 6.3.3.4.2. Source
    • 6.3.3.4.3. Usage
    • 6.3.3.4.4. Example
    • 6.3.3.4.5. Downloads
  • 6.3.3.5. sam2bed
    • 6.3.3.5.1. Dependencies
    • 6.3.3.5.2. Source
    • 6.3.3.5.3. Usage
    • 6.3.3.5.4. Example
    • 6.3.3.5.5. Downloads
  • 6.3.3.6. vcf2bed
    • 6.3.3.6.1. Dependencies
    • 6.3.3.6.2. Source
    • 6.3.3.6.3. Usage
    • 6.3.3.6.4. Example
    • 6.3.3.6.5. Downloads
  • 6.3.3.7. wig2bed
    • 6.3.3.7.1. Source
    • 6.3.3.7.2. Usage
    • 6.3.3.7.3. Example
    • 6.3.3.7.4. Downloads